Secondo la leggenda il santo ebbe un ruolo importante presso Diocleziano. Quando l’Imperatore lo scoprì cristiano esclamò: “Io ti ho sempre tenuto fra i maggiorenti del mio palazzo e tu hai operato nell’ombra contro di me, ingiuriando gli dei”, e quindi fu da lui condannato ad essere trafitto da frecce. Sempre secondo la leggenda, dopo questo martirio fu abbandonato perché i carnefici lo credettero morto, ma non lo era, e fu amorevolmente curato e riuscì a guarire. Cercando il martirio, sarebbe ritornato da Diocleziano per rimproverarlo e questi avrebbe ordinato di flagellarlo a morte, per poi gettarne il corpo nella  Cloaca Maxima.   Tuttavia le biografie e leggende per cui stava al servizio di Diocleziano a Roma o sull’intervento attivo dell’ Imperatore nelle vicende del suo martirio (comprese quelle attestate da Ambrogio poco dopo) sono spurie, perché Diocleziano non risiedette mai a Roma. Sebastiano, viene raffigurato solitamente trafitto da frecce. La salma venne recuperata da mani pietose e sepolta nelle catacombe che oggi vengono appunto dette “di San Sebastiano”.